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枯草芽孢杆菌在水中大量繁殖时分泌的胞外酶可分解 、吸收水及底泥中的蛋白质 、淀粉 、脂肪等有机物，有降低水体富营养化和清除底泥的作用 。在作用过程中，有机营养一部分转化为细胞物质，大部分转化为细菌活动的能量 。在其转化过程中，氨气 、 氮气就从水中逸散到大气 。用这种方法，水中氨氮和硝基氮可除去 80%～90% 。另一部分有机营养转化为优势的有益菌体 。此法广泛应用于河蟹育苗 、虾类养殖以及河屯、黄鳝 、 鱼、甲鱼养殖[12]。
